Erlangen hat sich als "Medizinhauptstadt" erklärt, Lehrstühle des Departments sind hervorragend ausgewiesen in der Medizinischen Informatik, Bildgebung, Bild- und Signalverarbeitung und Visualisierung und entsprechend in interdisziplinären Sonderforschungsbereichen (SFB 539, SFB 603), Forschungsverbünden (Fit4Age, BMBF Verbund Molekulare Bildgebung in der Medizin) und Graduiertenschulen (IMPRS, SAOT) vertreten. Weiterhin werden in Kooperation mit der Medizinischen Fakultät das Nebenfach Medizinische Informatik angeboten und Krankenhausinformationssysteme entwickelt. Es bestehen zahlreiche Kooperationen mit der lokalen Medizintechnik- und Sport-Industrie. Die Medizintechnik ist dem Forschungsschwerpunkt "Life Sciences" der Technischen Fakultät zuzuordnen.
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